日本的銀行間支付結算體系主要包括四個系統，其中三個由私人部門運營，分別是匯票和支票清算系統（Bill and Cheque clearing system，縮寫為BCCS），用于對提交到同城清算所的匯票和支票進行清算；全銀數據通信系統（Zengin Data Telecommunication System，簡稱為Zengin System），用于零售貸記轉賬交易的清算；以及外匯日元清算系統（Foreign Exchange Yen Clearing System，縮寫為FXYCS），用于外匯交易中日元部分的清算。另一個是由日本銀行負責運營的日本銀行金融網絡系統（Bank of Japan Net Funds Transfer System，縮寫為BOJ-NET），主要用于結算銀行債務，包括私營清算系統清算后產生的凈債務。2001年該系統由傳統的定時清算系統（Designated-time net settlement，縮寫為DNS）升級為實時全額結算（Real Time Gross Settlement，縮寫為RTGS）系統，
不同類型的證券在不同的機構存管。日本銀行作為日本政府債券（Japan Government Bond,縮寫為GJB）的中央證券存管機構（Central securities depository，縮寫為CDS）參與證券結算系統的運行；日本證券存管中心（Japan Securities Depository Center，縮寫為JASDEC）是股票的中央證券存管機構。其他類型的債券沒有CDS，它們與為數眾多的證券登記機構和日本債券結算網絡（Japan Bond Settlement Network，縮寫為JB Net）一起組成了公司債券和其他證券的結算系統。各種債券以及交易所股票交易的結算均采用券款對付（Delivery versus payment，縮寫為DVP）的結算方式。
在零售支付中，小額支付大量使用現金。企業和個人之間則廣泛使用電子轉賬服務，這類支付方式包括直接借記和直接貸記。雖然電子貨幣和借記卡的使用非常有限，但是信用卡的使用卻非常普遍。由政府經營的郵政局提供的郵政儲蓄賬戶和郵政轉賬服務也被公眾廣泛使用。
零售支付服務渠道出現多樣化趨勢，新的支付手段如互聯網和移動電話，和傳統支付渠道如銀行窗口和自動柜員機（Automated teller machine，縮寫為ATM）等并行存在。便利店已經成為繳納公有事業費最常用的地點。
一、日本支付結算的制度和法律框架
在日本沒有一部統一的或綜合性的法律來管理支付和證券的結算，而是由很多法規綜合在一起形成了支付和證券結算的法律基礎。支付方面的法律包括《預付卡法》、《資本金認定法》、《銀行法》、《郵政儲蓄法》、《郵政資金轉賬法》和《郵政匯票法》；證券結算方面的法律包括《公司和其他債務證券的簿記轉賬法》（后稱公司債務證券轉賬法）；支付軋差安排方面，有《金融機構參與的特定金融交易的拋售軋差法》對清算進行約束。
日本大多數管理金融活動的相關法律都規定日本首相是負責處理金融方面各種問題的行政主管。這些法律中包括了對支付和證券結算領域進行管理和監督的相關法規。根據相關法律條款的規定，首相實際上把行政主管的權力委托給了金融廳（Financial Services Agency，縮寫為FSA）。此外，財務省大臣負責日本政府債券（JGB）的相關事務。法務省大臣對管理證券簿記轉賬的法規負責。這些法規是民法和商法的一部分。
根據《日本銀行法》規定，日本銀行作為日本的中央銀行，其目標是對紙幣、通貨和貨幣進行控制、確保銀行和其它金融機構間的支付結算順利進行、維護有序的金融體系。因此日本銀行對私營支付結算系統進行監督以實現在《日本銀行法》第1條中規定的目標，即“確保銀行和其它金融機構間的資金結算能順利進行，從而為維護一個有秩序的金融體系做出貢獻”。此外，《日本銀行法》還規定，除了第33條提到的經常性業務，如吸收存款和資金轉賬（BOJ-NET資金轉賬系統的基本業務）之外，日本銀行可以根據首相和財務省大臣的授權，在完成經常性業務的同時，從事有助于資金順利結算的業務。這包括運營FXYCS和JGB簿記系統。
二、日本銀行間支付結算系統
日本的銀行間支付系統由四個主要系統組成：（1）匯票和支票清算系統；（2）全銀數據通信系統(Zengin System ) ；（3）外匯日元清算系統(FXYCS)和（4）BOJ-NET資金轉賬系統。前三個系統的運營和管理由私營部門負責，參與機構在日本銀行開設的往來賬戶，用以結算彼此之間支付的凈頭寸。BCCS和Zengin System主要用于小額轉賬。而FXYCS和BOJ-NET資金轉賬系統主要用于大額轉賬。
（一）匯票和支票清算系統（BCCS）
匯票和支票清算系統（BCCS）主要為同一地區的金融機構提供匯票和支票的交換清算服務。截至2001年，日本共有540家匯票支票清算所。其中，東京清算所的票據交換清算金額占日本全國清算所的70%以上。
大中型金融機構，包括銀行和外國銀行在日本的分支機構，都是BCCS系統的直接參與機構。小型金融機構通過直接參與機構間接地加入系統進行清算。到2001年12月，加入東京清算所進行清算的金融機構為421家，其中121家為直接參與機構。日本主要的清算所由各地銀行家協會負責管理（例如，東京清算所由東京銀行家協會（Tokyo Bankers Association，縮寫為TBA）負責運營）。BCCS系統的結算量從2001年到2006年有明顯的下降，原因是近年來傳統的匯票和支票融資正被銀行信貸所取代，這類資金的支付結算因而也轉向Zengin系統。
（二）全銀數據通信系統（Zengin System）
全銀數據通信系統(Zengin System)是一個國內銀行間資金轉賬的小額清算系統，于1973年開始運行。另外，很多小型金融機構，如信用金庫、信用合作社、勞工信用協會、農業使用合作社以及區域性銀行團體都有它們自己的銀行間清算系統。這些清算系統的結構都與Zengin System相似。
銀行以及外國銀行在日本的分支機構等金融機構直接參與Zengin System的清算。小型金融機構參加Zengin System則是分別通過它們各自與Zengin System連接的清算系統來實現。到2001年12月，加入Zengin System的金融機構共有2,021家，其中154家是直接參與機構。最終用戶還包括企業和個人。
Zengin系統同BCCS系統一樣，由東京銀行家協會（TBA）負責運營。2006年Zengin系統的日均清算量超過了10萬億日元。
（三）外匯日元清算系統（FXYCS）
外匯日元清算系統(FXYCS) 是于1980年建成的大額支付系統，以簡化跨境金融交易日元支付的清算過程。最初，系統的運轉是建立在處理紙質單據的基礎上。為了適應外匯交易量的快速增長，1989年東京銀行家協會（TBA）對該系統進行了改造，實現了系統的自動化，并把經營權委托給日本銀行。從此，外匯交易的日元清算就通過日本銀行BOJ-NET系統進行。
FXYCS系統處理跨境金融交易所產生的日元支付，這些跨境金融交易包括外匯交易、日元證券交易和進出口貿易的支付。
FXYCS由東京銀行家協會(TBA )擁有。它的自動化系統是BOJ-NET的一部分。到2001年年底，參加FXYCS系統的金融機構共有244家，包括73家外國銀行在日本的分支機構。其中有40家是BOJ-NET系統的直接參與者，其余的204家是間接參與者，他們要通過直接參與者加入FXYCS系統。
另外，持續聯結清算(Continuous Link Settlement，縮寫為CLS)銀行于2002年進入日本，在日元外匯結算中也起到重要作用。目前FXYCS主要承擔外匯交易中日元的結算功能，而CLS負責多邊貨幣的支付清算功能。2006年FXYCS日均交易額達到18萬億日元，CLS日均交易額達到30萬億日元。
（四）日本銀行金融網絡系統（BOJ-NET）
BOJ-NET資金轉賬系統于1988年建成，它是一個聯機的電子大額資金轉賬系統，也是日本支付結算系統的核心。BOJ-NET由兩個子系統組成：一個是用于資金轉賬的BOJ-NET資金轉賬系統；一個是用于JGB結算的BOJ-NET JGB服務系統。雖然BOJ-NET資金轉賬系統從建成起就為資金的結算提供了兩種結算方式，即定時凈額結算和實時全額結算(RTGS)，但在2001年初日本銀行廢除了定時凈額結算這種結算方式，使得RTGS成為BOJ-NET系統惟一可用的結算模式
日本銀行提供的大多數支付服務都可以通過BOJ-NET資金轉賬系統處理，它們包括：(1)同業拆借市場和證券交易所引起的金融機構之間的資金轉賬；(2)在同一金融機構的不同賬戶之間的資金轉賬；(3)私營清算系統產生凈頭寸的結算；以及(4)金融機構和日本銀行之間的資金轉賬，包括在公開市場操作的交易。通過BOJ-NET資金轉賬系統進行的大多數資金轉賬都是貸記轉賬，但機構內的資金劃撥，也可以通過借記轉賬來進行。
BOJ-NET資金轉賬系統為日本銀行所有，并由日本銀行負責運營。到2001年底加入BOJ-NET資金轉賬系統的金融機構共有383家，其中包括162家銀行，72家外國銀行在日本的分支機構、83家信用金庫、5家合作社的中央機構、46家證券公司、3家貨幣市場經紀商和其他一些金融機構，如證券交易所。2006年，BOJ-NET系統資金日均清算交易額達到102萬億日元。
三、日本非銀行間支付媒介
銀行存款是在日本進行零售支付中最廣泛使用的支付媒介，在小額支付中則經常使用現金。此外，郵政儲蓄也普遍地被用于支付。
就指令性支付工具而言，主要的支付工具是銀行賬戶基礎上的各種存款支付工具，如直接借記、貸記轉賬、信用卡和借記卡等無紙化媒介。匯票和支票的使用一直在減少。
在過去幾年里支付渠道發生了顯著變化。除了ATM和公司銀行服務外，新的支付渠道如因特網銀行、手機銀行、便利店銀行等提供的服務一直在平穩發展。
現金和存款
日本現在發行四種面值的紙幣：1,000日元、2,000日元、5,000日元和10,000日元以及6種面值的硬幣：1日元、5日元、10日元、50日元、100日元和500日元。
銀行存款可作為指令性支付工具(如直接借記、貸記轉賬、信用卡、借記卡、匯票和支票)的一種。這類工具進行的支付一直在增加，這部分反映了多種支付渠道，如ATM系統、因特網銀行、手機銀行以及便利店銀行的發展。
（二）電子貨幣
1997年以來，一些基于信息卡的產品已經開始了商業使用。2001年Mondex向一些企業提供它的電子貨幣服務，在雇員的ID卡上加入電子貨幣功能，這種卡只能在辦公大樓里使用。2001年11月，一種被稱為Edy的嵌入感應式智能卡開始使用，這種卡可以用來在因特網的虛擬購物商場、少數辦公大樓、購物中心和便利商店進行支付。
（三）預付卡
預付卡是一種持卡人在購買該卡時即預存現金的電子卡，可用于發卡商提供的特定消費服務，在使用時讀卡機通常會顯示所剩余額。1989年生效的《預付卡法》強制要求發卡商將已發行的卡里未使用金額的一半存入法務省的法律事務管理局，以保護持卡人的利益。
（四）直接借記
預先安排的直接借記是一種銀行間資金轉賬安排，被廣泛地運用在大范圍的經常性支付中。這項服務的首次應用是在1955年支付電話費賬單。從20世紀60年代初開始直接借記服務得到了迅速的擴展，現在已經被廣泛地運用在公共事業費、信用卡賬單、稅款、學費、保險費和貸款償還等各項費用的支付中。
（五）貸記轉賬
向異地的收款人匯款，或是需要支付大筆資金時，最常用的付款方式是貸記轉賬。大多數貸記轉賬是使用電子資金轉賬系統進行銀行間或銀行內支付。銀行間貸記轉賬一般通過私營清算系統，如Zengin System進行處理，有時也會直接通過BOJ-NET的資金轉賬系統進行。
（六）借記卡
1984年日本的銀行開始提供與今天的借記卡類型相同的服務，命名為“Bank POS"。日本借記卡促進委員會于1999年1月開始提供一種叫做“J-Debit”的借記卡，該服務在2001年3月擴展到全國。
（七）匯票和支票
匯票用于商業部門的支付并能夠在銀行貼現。支票在政府機構和企業中被廣泛地使用，但很少用來支付工資，而且個人也很少使用支票來支付賬單，包括信用卡賬單和公共事業費賬單的支付。托收后的匯票和支票通過同城清算所在銀行間進行交換。近年來，使用紙質票據支付工具的交易量一直在下降。
（八）ATM
自動柜員機(ATM)于1969年由幾家城市銀行首先引入，在20世紀70年代很多銀行采用了聯網計算機系統，使得ATM得到了迅速的推廣。現在，ATM既能接受紙幣也能接受硬幣，既提供取款服務，也提供存款服務，并能處理信用轉賬和貸款。
目前，日本有9個主要的ATM聯機網絡，同一類型的金融機構通常用同一個網絡服務。作為9個網絡系統的中轉中心，多功能集成提款服務(Multi Integrated Cash Service，縮寫為MICS)系統于1990年建成，負責全國范圍的ATM數據傳送，并提供清算服務。使用ATM網絡而引起的行間貸方和借方頭寸在每個交易日結束后進行計算。計算出的銀行間凈頭寸和其他行間支付一起通過Zengin System或金融團體自己的清算系統再一次進行清算，然后通過在日本銀行或在金融團體的中央機構開設的賬戶進行結算。
（九）公司銀行業務
公司銀行業務(Firm banking，縮寫為FB)是公司客戶在他們的辦公場所就可以使用的聯機銀行業務服務。使用FB服務的企業通常通過電子請求自動應答網絡系統(Automatic answer Network System for Electrical Request，縮寫為ANSER)或現金管理服務中心(Cash Management Service，縮寫為CMS)與他們的銀行相連。ANSER是NTT(日本電報電話公司)的數據公司從1981年開始提供的一個連接企業和銀行的數據傳輸系統。共享CMS中心于1987年開始運行，它可以使公司通過一次訪問就可以和多家銀行進行聯系。
（十）家庭銀行業務
家庭銀行業務允許個人在家中聯機處理他們的銀行業務，主要有電話銀行業務、手機銀行業務和電視銀行業務。
（十一）便利店銀行業務
便利店代替公共事業服務公司和電信公司接收消費者清償賬單的支付，然后通過貸記轉賬將相應的款項轉交給收款公司。這種支付接收服務始于1987年，而且它的使用一直在增長。1999年后，便利店也在店內安裝了ATM ，消費者可以得到多家銀行的ATM服務，包括在某些情況下銀行提供的消費者融資服務。
四、日本證券支付結算
日本銀行和日本證券存管中心(JASDEC)分別是日本政府債券(JGB)和股票的中央證券存管機構(CSD)。JGB交易通過BOJ-NET的JGB服務系統以實時的DVP方式進行結算，JGB服務系統是處理金融機構之間JGB轉賬的聯機系統。存放在JASDEC股票的交易以簿記登錄的方式進行結算，在證券交易所進行的股票交易的結算則采用DVP方式進行。公司債券和其他債券如政府擔保債券和市政債券是在證券登記商的賬簿上進行登記和轉賬，在日本有很多這樣的證券登記商。JB Net是一個與參與者(投資商和交易商)、證券登記商和日本銀行相連的聯機網絡系統，通過它登記債券的交易可以按DVP方式結算。從2003年開始，在新的法律框架下，商業票據（Commercial Paper，簡稱CP交易的登記使用JASDEC開發的簿記系統，用DVP方式對商業票據的交易進行結算。
證券的類型不同，其結算周期也不同。對于企業債券、市政債券、股票和JGB來講，T+3滾動結算是標準的周期。但對于公開市場操作JGB。交易的結算周期會根據情況不同分別為T+1、T+1、T+2和T+3。CP的結算為T+1或T+2。
（一）日本政府債券和票據
長期以來，日本在場外交易（Over-the-counter，縮寫為OTC）市場中沒有處理JGB交易的交易確認系統或清算系統。2001年，由36家券商和交易所發起組建了日本國債清算機構（Japanese government bond Clearing Corporation，縮寫為JGBCC）的計劃，2005年5月開始正式運行。作為JGB市場的中央交易對手（CCP），日本國債清算機構負責撮合市場雙方的交易并最終在日本銀行BOJ-NET系統中完成清算和支付。
另外，日本有兩種不用進行證券實物交割的JGB結算安排：JGB登記系統和JGB簿記登錄系統。證券憑證的實物交割盡管是可行的，但現在很少使用。
根據政府債券法，JGB登記系統于1906年建成，日本銀行是系統中的債券登記機構。在這個系統中，登記是由登記機構以簿記方式進行的，因此JGB的轉賬不需要進行債券的實物交割。該系統的參與者不局限于金融機構，任何JGB的持有者都能夠使用這個系統。
JGB登記系統和JGB簿記登錄系統的JCB轉賬都是通過BOJ-NET的JGB服務系統進行處理，該系統由日本銀行擁有、管理并專門服務于JGB的轉賬處理。1994年，通過把BOJ-NET JGB服務和BOJ-NET資金轉轉賬系統連接起來實現了DVP方式的結算。
JGB登記系統或JGB簿記登錄系統的參與者可以以書面的形式或聯機的形式，通過BOJ-NET JGB服務系統把JGB交割指令發送給日本銀行。
從1997年起，JGB交易的結算一直是按T+3的周期進行。在1996年滾動結算被引進之前，JGB的結算按市場慣例大體上在每個月的5日、10日、20日、25日和最后一個工作日進行，從交易發生到結算之間的平均間隔約為7天。
從2003年1月27日開始運營的JGB簿記登錄系統還受到2002年6月生效的《公司債務證券轉賬法》的制約。在新系統中，實現了日本政府債券JGB，短期貼現國債（Treasury Bill，縮寫為TB）和短期政府債券（Financial Bill，縮寫為FB）的無紙化。這些證券的交割也依據新法律以簿記登錄的形式實現，而結算的基本機制沒有改變。
（二）公司債券和其他債券
與JGB相同，公司債券和其他債券(即非JGB的債券)，如政府擔保債券、市政債券、金融債券和日元外國債券，主要在OTC市場上進行交易。
根據公司債券和其他債券登記法，多數未清償的公司債券和其他債券都是以登記證券的形式在登記商處存管。債券的發行單位不同，登記商也不同，目前大約有160家銀行是不同債券的登記機構。公司債券和其他債券的實物憑證交登記商存管，并以無紙化的形式進行登記。
日本債券結算網絡(JB NET)有限公司負責營運一個連接參與者(投資者和交易商)、登記商和日本銀行的聯機網絡系統，并通過該網絡以DVP方式對債券交易進行結算。
（三）商業票據
商業票據(CP)市場始于1987年。1998年管制政策的放松使得銀行可以發行CP，公司也可以直接面向最終投資者發行CP(即所謂的直接發行)，這極大地促進了CP市場的發展。
在日本沒有保管CP的CSD。通常CP的發行都沒有標明融資人的名稱(即所謂的末署名債券)，它們在二級市場上進行交易。在回購交易中，CP的交割通常是通過轉讓賣方準備的存放憑證而實現，CP證書在兌現之前一直以實物的形式存放在交易商處。目前大多數CP交易的結算周期都是T+1或T+2。
根據公司債務證券轉賬法，從2003年3月開始，發行無紙化的商業票據，并且使用JASDEC開發的簿記登錄系統，按DVP方式進行結算。
（四）股票和可轉換債券
目前日本共有五大證券交易所，按照2006年上市公司數量排名依次是：東京證券交易所（2391家）、大阪證券交易所（1073家）、日本券商協會自動報價（Japan Association Of Securities Dealers Automated Quotation，縮寫為JASDAQ）市場（971家）、名古屋證券交易所（391家）、福岡證券交易所（146家）和札幌證券交易所（85家）。絕大多數上市股票的交易是在東京證券交易所進行的。交易也包括場外交易，都通過JASDEC簿記登錄系統進行結算。JASDAQ市場是根據證券和交易所法的有關條款，由日本券商協會(Japan Securities Dealers Association，縮寫為JSDA)管理的一個OTC交易市場。在這個市場中，股票交易的處理和價格信息的提供都通過JASDAQ系統進行。
1、在證券交易所進行的交易
證券交易所為在交易所內進行的交易提供結算前的預處理服務，如交易的確認和軋差。
對于在東京證券交易所、大阪證券交易所和名古屋證券交易所進行的股票交易來講，證券交易所自己就是場內交易的中央對手方(CCP)。對它們所代表參與者的雙邊債務進行沖銷，從而實現市場參與者之間的多邊軋差。在這個處理過程中，股票交割的軋差分品種進行，而資金轉賬的軋差則包括(跨越)所有的發行品種。
在其他兩個證券交易所進行的股票交易，股票交割分品種進行多邊軋差，資金轉賬是在包括了所有發行品種股票交易的基礎上進行多邊軋差。但是，從法律意義上講，這兩家交易所并不充當所內股票交易的CCP。
2、在JASDAQ市場進行的交易
在JASDAQ進行的股票交易由日本券商協會自動報價市場公司（JASDAQ Market, Inc.）進行確認，該公司是JASDAQ市場的運營者和中央對手方(CCP)。
2003年前，證券和資金的轉賬都按全額的方式進行但還沒有實現DVP結算。賣方交付給買方的股票，通過日本券商協會自動報價市場公司在JASDEC開設的賬戶進行交割。買方支付給賣方的資金，通過日本券商協會自動報價市場公司在指定結算銀行開設的賬戶進行轉賬。
從2003年1月起，五家證券交易所和JASDAQ市場的股票交易都通過日本證券清算公司以DVP方式進行結算。日本證券清算公司是一家新建的清算服務公司，它作為統一的中央對手(CCP)提供的服務與東京證券交易所相似。
3、其他交易
為對機構投資商的股票交易進行確認，JASDEC開發了一個結算前撮合系統，并于2001年9月投入使用。該系統的用戶包括投資信托/咨詢公司、信托銀行、托管銀行、壽險/非壽險保險公司以及證券公司。除了處理國內機構投資商進行的股票交易外，系統于2002年2月開始處理跨國證券交易和可轉換債券的交易。
信息來源：
日本銀行網站
日本財政部網站
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